Nastao kao starohrvatski castrum , utvrda ili tabor, podno tvrdjave sv. Mihovil, koja i danas dominira gradom, Šibenik se prvi put spominje 1066. godine u ispravi najznačajnijeg vladara hrvatske države - kralja Petra Krešimira IV. Šibenik, kao samorodni hrvatski grad, dobiva civitet, odnosno status grada, 1290. godine, kada je uspostavljena šibenska biskupija.
Nakon hrvatskih vladara (i hrvatsko-ugarskih) i povremene vladavine Venecije, u 15. stoljeću dolazi pod gotovo 400-godišnju vlast Venecije, a iz tog razdoblja potječe i najznačajniji kulturno-povijesni spomenik Šibenika - poznata šibenska katedrala sv. Jakova, građena u 15. i 16. stoljeću.
U 15. i 16. st. Šibenik je jedno od najznačajnijih hrvatskih humanističkih i renesansnih središta. U njemu djeluju književnici Juraj Šižgorić, Antun i Faust Vrančić, petar Divnić i Ivan Polikarp Severitan, glazbenici Ivan Šibenčanin, Julije Skjavetić i Ivan Lukačić, povjesničar Dinko Zavorović, slikari Nikola Vladanov i Juraj Aulinović, grafičari Martin Kolunić-Rota, Horacije Fortezza i Natal Bonifacij te mnogi kipari i graditelji iz kruga oko Jurja Matejeva Dalmatinca.
Znanstvenik i vizionar, leksikograf i pripovjedač, filozof i teolog, Faust Vrančić najznačajnija je hrvatska renesansna ličnost. Pisac prvog hrvatskog rječnika , autor je i glasovite knjige projekata i izuma Machinae novae (Novi strojevi). Medju mnogim zamislima ističe se crtež homo volans (leteći čovjek), prvi tiskani prikaz leta padobranom u povijesti. Crkva i samostan sv. Frane iz 14. st., prvo hrvatsko nacionalno svetište sv. Nikole Tavelića, stoljećima je značajno crkveno i kulturno žarište.
U samostanskoj zbirci čuva se više od 150 inkonabula i isto toliko vrijednih rukopisnih kodeksa, medju kojima je i glasovita Šibenska molitva, prvi hrvatski pjesnički tekst pisan latinicom. U crkvi su sačuvane u izvornom obliku orgulje znamenita hrvatskoga graditelja orgulja Petra Nakića, koji je djelovao u 18. st. O živom, suvremenom kulturnom stvaralaštvu Šibenika svjedoči danas tradicionalni Medjunarodni dječji festival Šibenik - Hrvatska.