Prva naselja razvila su se u zaleđu Vodica još u pretpovijesno doba. Vodička polja obiluju vodom i plodnom zemljom, idealno su mjesto za stanovanje i ugodan život. Stanovnici su uzgajali masline i vinovu lozu, te višnje maraske. U zelenilu obrađenih polja stoje gromače, veliki kameni zidovi građeni u suhozidu, koji dijele vlasnika od vlasnika i svjedoče o dalmatinskom čvrstom duhu, volji, snazi i prkosu. Odolijevaju vremenu i stare tradicionalne građevine, bunje, koje su nekad služile kao pastirski stanovi, kao siguran zaklon od lošeg vremena ili samo kao odlagalište za alat.
U 15. stoljeću kada se turskim osvajanjima počinje širiti njihovo carstvo i na ova područja, mletačka vlast u Šibeniku donosi proglas po kojemu se u blizini naseljenih mjesta na svim većim uzvisinama moraju podizati kule-osmatračnice, i zidine radi sklanjanja stanovništva od neposredne opasnosti i što učinkovitije obrane. Mir je na ove prostore došao tek potpisivanjem Karlovačkog mira, odnosno potpunim porazom turske vojske kod Beča. Tada je turska sila oslabila i na ovim područjima, malo po malo počelo se normalno živjeti, bez straha odlaziti u zapuštena polja.
Nastanak Vodica vezan je uz početak gradnje crkve sv. Križa kraj današnjeg hotela Punta, 1402. godine. Jedan šibenski zapis iz iste godine imenuje Vodice po prvi puta. U njemu se nalaže vodičkim kmetovima i težacima da moraju platiti za gradnju šibenske katedrale. U to doba obala je jako slabo naseljena, ima samo nekoliko kuća. Ovdje su pristajali brodovi, održavao se sajam. Razmjenjivali su se domaći poljoprivredni i zanatski proizvodi sa onima pristiglima na brodovima.
Ipak, Vodice su po nečemu bile fenomen: one su izvozile pitku vodu i to sve do kraja 19. stoljeća. Uostalom, razvile su se upravo na ovome mjesto zahvaljujući bunarima s boćatom vodom. Danas su na glavnom gradskom trgu očuvana dva kao spomen na tradiciju i stare običaje.
Kroz 15. i 16. stoljeće oko mjesta se u nekoliko navrata gradio visoki obrambeni zid sa trima kulama koje su štitile stanovništvo i omogućavale kontrolu putnika koji su ulazili u grad. Kuće su građene naslonjene jedna na drugu, ulice su bile tako uske da su jedva mogla proći jedna kola. Ima tako uskih kala gdje se ne mogu mimoići dva čovjeka. Tako se bilo lakše braniti i od zime i od neprijatelja. Prolazeći tim dijelom mjesta pomalo vas hvata strah od polumraka i visokih hladnih zidova. Lako je zamisliti svijet njihovim očima, prije 600 godina.
Pred Vratima grada podignut je badž-han, ili po naški bažana. Ovdje su pridošlice na sajam morale ostavljati svoje konje i oružje, što se naročito odnosilo na neprijatelje Turke. Kasnije, 1878. godine, na temeljima stare bažane sagrađena je nova zgrada u kojoj je danas smještena gradska knjižnica.
Nakon konačnog odlaska Turaka, selo prosperira, gradi se sve više kuća i izvan gradskih zidina. Stanovništvo naglo brojčano raste i crkvica sv. Križa postaje premala da bi primila sve vjernike. Odlučeno je da se gradi nova župna crkva u središtu . Gradnja počinje 1746. i traje do 1749. godine, a majstor je poznati barokni graditelj Ivan Skoko. Uz crkvu gradi se zvonik, majstor je Vicko Macanović iz Dubrovnika. Vodice postaju samostalna općina 1891. godine i uključuju Dražice, Pišću, Okit, Rakitnicu, Stajice, Vrbice i Tribunj. Sve više napreduju i jačaju kao gospodarsko i upravno središte.
Danas su Vodice poznato turistički centar, najpoznatiji na srednjem dijelu Jadrana. I to ne slučajno. Tako je otkada su se Vodičani odlučili za ovu granu privrede, dakle već punih 50 godina.